Group-DIA软件的工作原理
2015年10月6日，我室韩家淮教授课题组在Nature子刊《Nature Methods》上发表题为“Group-DIA: analyzing multiple data-independent acquisition mass spectrometry data files”的文章。
在生物学研究中，比较多个样品中蛋白量的变化是经常要解决的问题。定量蛋白组作为一个很重要的技术手段，经常被用来寻找多个生物样品中有差异变化的蛋白。SWATH-MS是一种新型的蛋白质定量技术，其拥有高定量精度和良好的多样品定量一致性等特点，可以用来寻找多个生物样品中的差异表达蛋白。虽然SWATH-MS技术具有很多优点，但是其数据处理一直是个难题。现有两款软件OpenSWATH和DIA-Umpire，其中OpenSWATH作为最先被报道的软件，其在数据处理方面较繁琐，DIA-Umpire在数据处理方面具有优势，但鉴定肽段数量方面稍显弱势。韩家淮课题组开发了一个名为Group-DIA的SWATH数据处理软件，其在数据处理方面和DIA-Umpire具有相同优势，在鉴定肽段数量方面比DIA-Umpire软件多30-50%。韩家淮课题组研究人员对TNFR1（TNF 受体蛋白1）免疫共沉淀样品的SWATH数据进行了分析，发现Group-DIA软件可以比其他两款软件鉴定出更多的TNFR1相互作用蛋白，假阳性率则较其他两款软件低。综上所述，Group-DIA软件是目前分析SWATH数据最好的软件，它的开发推动了SWATH-MS在生物学研究中的应用，为寻找信号通路中的关键节点蛋白提供了很好的途径。
该论文主要工作由博士生李渊越和博士后钟传奇承担，通讯作者为博士后钟传奇和韩家淮教授。
细胞应激生物学国家重点实验室
论文链接：http://www.nature.com/nmeth/journal/vaop/ncurrent/full/nmeth.3593.html